本著愛心菩薩的精神，長期關懷弱勢團體，2009 年因莫拉克颱風重創南台灣，在八八水災發生後的第一時間，悟覺妙天禪師便捐贈了 1萬包的平安米，至甲仙鄉與屏東及阿里山等災情較嚴重的地區，由於當時災區交通完全中斷，台灣禪宗佛教會仍然不畏艱難，委派專人跋山涉水勇赴災區發放白米。此外，禪教會各地會員也自動發起人道救援行動，集眾人之力，協助災區重建。
為推動八八水災災後重建工作，台灣禪宗佛教會於 2009 年 12 月 22 日捐贈新臺幣 1,000 萬元予內政部，為災區心靈與物質重建投注建設經費。內政部特舉辦捐贈儀式，並由內政部次長曾中明主持，禪教會創辦人悟覺妙天禪師親自出席，為災區民眾祈福。
此外，由財團法人世界領袖教育基金會主辦，並與富邦金控、國立交通大學合作，在台北市教育局指導下舉辦的「真愛與美音樂饗宴―八八水災慈善義演」，於 2009 年 11 月初邀請北京交通大學交響樂團來台，進行三場義演，用愛與音樂為災民祈福。
領袖會特別重視受災孩童及青少年未來心理健康與教育問題，義演門票所得將捐贈給財團法人富邦慈善基金會「莫拉克颱風賑災重建募款」專案，以及財團法人世界領袖教育基金會「災區學童心理重建計畫」使用。
